La Diócesis del Tucumán fue erigida en 1570 con sede en Santiago del Estero. En 1597 el obispo Fray Fernando de Trejo y Sanabria decreta la creación de un Seminario Conciliar en Madrid de las Juntas, el primero en suelo argentino; debido a las dificultades propias de aquellos tiempos, este Seminario decayó y fue nuevamente erigido por el mismo obispo, el 16 de diciembre de 1611 en la ciudad de Santiago del Estero. En 1699, el obispo Mercadillo traslada la sede de la diócesis del Tucumán a la ciudad de Córdoba, y con ella el Seminario conciliar “porque en toda esta gobernación no hay lugar más a propósito para ello que esta ciudad de Córdoba, por muchos conceptos…”.

Por entonces, los seminaristas realizaban sus estudios preparatorios en el mismo Seminario, y luego cursaban filosofía, derecho y teología en la Universidad de San Carlos, originalmente Colegio Máximo de los jesuitas, fundado en Córdoba en 1610, y erigido como Universidad en 1622. En estos años el Colegio Seminario de Loreto funcionaba como un colegio mayor de la Universidad. La misma era frecuentada por dos grupos de alumnos: el primero, constituido por quienes aspiraban al Doctorado en Teología y, en general, también al sacerdocio; el segundo, integrado por aquéllos que por afán personal de instrucción, aspirando a grados académicos inferiores, elegían la formación moral, intelectual y religiosa impartida por la Universidad.

En 1767 se ejecuta en Córdoba la expulsión de los jesuitas, y la Universidad queda a cargo de los franciscanos; más tarde es encargada al clero secular. El 1 de diciembre de 1800 Carlos IV fundó la Real Universidad de San Carlos y Nuestra Señora de Monserrat, la que, ya en los tiempos de la independencia nacional, pasó inicialmente a la provincia y, luego, el 29 de mayo de 1854 fue nacionalizada.

La segunda mitad del siglo XIX fue testigo de crecientes tensiones entre el Seminario Conciliar y la Universidad. Para el obispo diocesano las aulas universitarias eran cada vez menos adecuadas para los seminaristas debido a los aires liberales que soplaban en sus cátedras. Por este motivo se solicitó que las clases de filosofía y teología se dictaran en el mismo Seminario; finalizados los estudios y dados los exámenes, los seminaristas podían obtener grados académicos en la Universidad, aún repitiendo los exámenes si fuera necesario. El 16 de enero de 1881, el obispo Fray Mamerto Esquiú hizo un nuevo intento de recuperar la enseñanza de la Teología en la Universidad. Sin embargo, el entredicho acerca de cuál debía ser la autoridad responsable del nombramiento de los profesores, si el Rector o el Arzobispo, condujo a un callejón sin salida (cfr. Altamira, Luis Roberto, El Seminario Conciliar de Nuestra Señora de Loreto, Imprenta de la Universidad, Córdoba 1943).

Durante el siglo XX el Seminario Mayor Nuestra Señora de Loreto se consolidó como casa de altos estudios en filosofía y teología; algunos de sus más celebres docentes impartieron clases de diversas disciplinas en la Universidad Nacional de Córdoba, donde se abrió por algunas décadas la carrera de Licenciatura en Ciencias Religiosas. En la primera mitad de aquel siglo el claustro docente del Seminario, formado fundamentalmente en Roma, Francia y Alemania, realizó publicaciones de carácter científico, y se instaló como un referente en la discusión académica cordobesa.

El anhelo de constituir una Facultad de Teología en la ciudad de Córdoba cobró nuevo impulso en 1959; por ello se inició un diálogo con la Facultad de Teología de Buenos Aires que fructificó en el acuerdo y vinculación a dicha Facultad a partir del decreto de Afiliación, emitido por la Sagrada Congregación de Seminarios y Universidades el 14 de junio de 1961. Con el nacimiento del Studium Theologicum de Córdoba se da un renovado florecimiento de los estudios teológicos. En 1969 tuvo lugar, por ejemplo, la visita del Cardenal Gabriel Garrone, en aquel momento Prefecto de la Sagrada Congregación de Seminarios y Universidades; notables donaciones de la institución alemana Adveniat permitieron consolidar el patrimonio de la Biblioteca.

En 1968, la Arquidiócesis de Córdoba, siguiendo los impulsos del Concilio Ecuménico Vaticano II, creó el Estudio Teológico de Córdoba como respuesta a una iniciativa de la Nunciatura Apostólica tendiente a la concentración de fuerzas y a la mutua colaboración en la tarea formativa, intentando asumir el nuevo modelo eclesiológico, delineado en dichos eventos de la Iglesia universal y latinoamericana. El Estudio Teológico de Córdoba, además de incluir a los seminaristas de las distintas diócesis de Córdoba y de Cuyo – cuyos seminaristas eran enviados al Seminario Nuestra Señora de Loreto – incorporó a los estudiantes religiosos de los Teologados salesiano (Villada), redentorista (San Alfonso) y claretiano (Villa Claret). Comenzó a funcionar con un total de doscientos alumnos. Dificultades prácticas y crecientes en la conducción del mismo llevaron a que la experiencia del Estudio Teológico durara sólo hasta diciembre de 1972.

Aunque la iniciativa de unificación de los estudios teológicos en Córdoba no dio todos los frutos esperados, el Studium Theologicum sostuvo y fortaleció su vínculo con la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Católica Argentina. Esto queda documentado en las consecutivas solicitudes de renovación de la Afiliación: la primera fue concedida por la Sacra Congregatio pro Institutione Catholica el 21 de junio de 1977, a perpetuidad. Pero en virtud de la reforma de las normativas vigentes se solicitó la renovación de la Afiliación por diez años, concedida por la Sacra Congregatio pro Institutione Catholica el 6 de octubre de 1994. Del mismo modo se procedió a la solicitud de la renovación de la Afiliación cumplido dicho período; la misma fue concedida por la Congregatio de Institutione Catholica el 13 de junio de 2005. Por tanto, al presente el Studium Theologicum de Córdoba, bajo la advocación de Nuestra Señora de Loreto, ha cumplido casi medio siglo de Afiliación ininterrumpida a la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Católica Argentina.

Por otra parte, desde 1991, y a instancias de la Dirección de Estudios, el trayecto de los cuatro primeros años de los estudios del Seminario obtuvo la acreditación y reconocimiento civil como Profesorado en Ciencias Sagradas, originándose el Instituto Nuestra Señora de Loreto.

Durante estos últimos años, en el marco del camino pastoral que la Arquidiócesis viene transitando, se han suscitado diversas instancias nuevas de comunión y cooperación; entre ellas, la colaboración en red de los Institutos de Ciencias Sagradas (profesorados) ya existentes en Córdoba, en orden a fortalecer la misión de una renovada evangelización y formación del Pueblo de Dios. En este camino de diálogo, comunión y espíritu misionero surgió la necesidad de contar con una instancia de formación teológica superior de nivel universitario, capaz de ofrecer una formación de calidad para todos los miembros del Pueblo de Dios. Para la concreción de este anhelo se está actualmente trabajando en diálogo con las demás instituciones de formación teológicas locales.